A região possui um relevo bastante acidentado, com morros cobertos por Mata Atlântica, que é o ecossistema mais ameaçado do Brasil, guardando apenas de 7 a 8% de sua extensão original, que cobria cerca de1.290.000km2 do território brasileiro.

Estudos já revelaram que a destruição da floresta está provocando o desaparecimento de muitas espécies: das 202 espécies de animais brasileiros ameaçados de extinção, 171 são originários da Mata Atlântica. No caso da fauna, 39% dos mamíferos, borboletas, répteis, anfíbios e aves que vivem na floresta são endêmicas. Mais de 15 espécies de primatas habitam a floresta, a maioria endêmica.

O total de mamíferos, aves, répteis e anfíbios que ocorrem na Mata Atlântica alcança 1361 espécies, sendo que 567 são endêmicas. Brasil é o terceiro país do mundo mais rico em mamíferos, perdendo apenas para a Indonésia e o México. Na Mata Atlântica, estão cerca de 28% das espécies de mamíferos brasileiros conhecidas.

O Brasil é o terceiro país do mundo em variedades de aves. Abriga 1.620 espécies, o que corresponde a 55% das existentes na América do Sul. Atualmente Santa Catarina conta com um pouco mais de 588 espécie de aves. Cerca de 38% das espécies de aves brasileiras estão na Mata Atlântica.

Em diversidade de répteis no mundo, perde apenas para o México, a Austrália e a Indonésia. Na Mata Atlântica, encontramos os principais répteis brasileiros.

A Mata Atlântica abriga possivelmente 260 espécies de anfíbios, mas pouco se conhece sobre a sua distribuição geográfica, número de indivíduos, conservação etc. O mesmo acontece em relação aos peixes e aos invertebrados.

Estima-se, porém, que algumas espécies são muito numerosas. Em nossas matas é possível observar com muita facilidade tucanos do bico verde, beija-flores, saíras, jacutingas, tatus e guaxinins. Com mais paciência se observam tamanduás mirins, macacos prego, ouriços cacheiro, jacus, jacupemas, aracuãs e outros.